하지만 추가협상 타결 과정에서 협정문 내용이 일부 수정됨에 따라 정부는 국회에 새 비준 동의안을 제출하는 절차를 거쳐야 하고 이 과정에서 여야 간 충돌이 발생할 것으로 예상된다.
일단, 여당은 추가 협상이 끝난 부분에 초점을 맞추는 반면 야당은 전체 협정문을 재심의해야 한다는 입장이다. 이 같은 온도차는 FTA 타결 이후 나온 여야의 반응에서도 나타난다.
타결 소식이 전해진 후 한나라당 안형환 대변인은 “한미 FTA 협상이 타결된 것을 환영한다. 국회에서 하루빨리 비준돼 경제 구조를 한 단계 도약시키는 계기가 되기를 바란다”고 밝혔지만, 민주당 차영 대변인은 “일방적인 양보로 타결됐다면 국회에서 비준할 수 없다. 우리 측이 어느 정도 균형을 잡았는지 국회에서 철저하게 따져봐야 한다”고 말했다.
특히 한나라당은 자동차 분야 협상에서 논란의 여지가 있더라도 쇠고기 문제를 테이블 위에 올리지 않겠다는 우리 측 주장이 받아들여진 점을 높이 평가했다. 반면 민주당을 ‘일방적인 퍼주기’였다며 절대 인정하지 않겠다는 입장을 분명히 하고 있다.
자유선진당 역시 윤혜연 부대변인을 통해 “추가협상 자체가 나쁜 선례”라고 평가 절하했고 민주노동당, 진보신당은 비준 결사 저지에 의견을 모았다.
한편 이명박 대통령은 4일 “한미 FTA는 양국에게 커다란 경제적 이익을 가져올 것”이라고 말했다고 홍상표 청와대 홍보수석이 전했다. 이 대통령은 “한미 FTA를 통해 한미 동맹 관계가 한 단계 도약하는 계기가 될 것”이라며 “속히 양국 입법부의 비준 동의가 이뤄져서 오랫동안 지연된 한미 FTA가 결실을 거둘 수 있기를 기대한다”고 말했다.